Markus Uhl studierte in Freiburg, Weimar, Heidelberg und Essen Kirchenmusik, Konzertfach Orgel/Orgelimprovisation, Musikwissenschaft und Philosophie u. a. bei Zsigmond Szathmáry, Hans-Michael Beuerle, Michael Kapsner und Stefan Klöckner. Mit einer Arbeit über <Die Choralreform in der Folge des Trienter Konzils und die Editio Medicaea (1614/15)» wurde er zum Dr. phil. promoviert.
Seit 2007 ist er Bezirkskantor der Erzdiözese Freiburg an der Jesuitenkirche in Heidelberg (Chöre, Orgelspiel, Ausbildung etc.). Als Lehrbeauftragter unterrichtet er an Hochschulen in Stuttgart, Heidelberg und Weimar u.a. Orgelimprovisation, Orgelliteratur und Gregorianik.
Preise und Auszeichnungen erhielt er in den Bereichen Orgel, Orgelimprovisation, Chorleitung und Musikwissenschaft.
Eine Ausbildung zum Orgelsachverständigen, Kurse in Orgel und Orgelimprovisation, Gregorianik sowie Dirigieren, Musiktheorie und Kinderchorleitung ergänzen sein musikalisches Spektrum.
